会不会不是电磁方面的干扰呢？
现在发现将编码器轴和电机轴相互分开不接触，步进电机通电但不运行，计数器示数稳定不受干扰；将编码器轴和电机轴直接接触，电机通电但不运行，计数器示数就不断变化 。
会不会是电机振动带来的？
电机电涡流通过电机转轴-编码器转轴干扰到编码器，由于是集电极开路输出，编码器信号对电源地，形成干扰回路：
电机电涡流－－干扰电流－－转轴连接－－编码器电源与集电极开路信号。
解决干扰的途径：
清除干扰源－－1.改进电机设计的合理性或换电机；2.如电机已经选定，将电机与编码器轴连接器绝缘（改绝缘性联轴器，或两个轴上加绝缘胶带再装联轴器，或就用塑胶管连接）。
改进编码器抗干扰能力－－1.编码器电源DC/DC隔离；2.输出信号改差分信号输出A对A反相，而不是对电源地；3.信号用编码器专用屏蔽电缆。
以上方法可分别试，根据你的情况，在不改变器件的情况下，我估计轴连接设法绝缘，或编码器电源加DC/DC隔离可解决。
已经换成屏蔽线线了不见好转
现在发现将编码器轴和电机轴相互分开不接触，步进电机通电，计数器示数稳定不受干扰；将编码器轴和电机轴直接接触，电机通电，计数器示数就不断变化
步进电机通电但不运行的时候是不是也会有振动啊？
1、检查电机表面是否有漏电，比如是不是对地有个交流一百对伏。
2、检查PLC上计数模式是否正确，比如是否只对A相脉冲计数了。
如果能直接用示波器看编码器信号波型，当然最好。
另外，如果驱动器的品质不是太好，在电机不该动、电流该稳定的时候，电流可能也有一定的波动，造成电机很小幅度的抖动。但是这种都动通常是出现在细分的位置上，不会出现在刚上电的位置一上。这是N多年前一个买步进驱动器的人对我说的。
感谢各位前辈热心回答！
对一些问题的说明：
本人是在校学生，实验条件受限制，本来编码器分辨率应选择和步进电机分辨率相当的，但实验室刚好有一个高分辨率的，老板就不会让再买了；
编码器确实只有A相输出，B相是有问题的，本来想着只有单向运行只有A相无所谓，但实际上有微小振动时，计数器的值可能会围绕某个值来回振荡，但由于只有一相输出只有加计数，误差是个累积的效果；
总之，整个系统有点烂。本来是想着用编码器检测步进电机是否失步，若失步了就改变运动参数，改变驱动电压等来消除或减弱失步情况的，这是本人的毕业设计主要部分，现在什么也没做出来，毕业论文没法写。。。
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